La struttura del Tribunale per i Minorenni di Trieste è organizzata nelle seguenti aree:
- civile e penale, che seguono le articolazioni giurisdizionali dell'Ufficio;
- amministrativo-contabile, direttamente dipendente dal Presidente, che comprende la Segreteria di Presidenza, la Segreteria Amministrativa, l'Ufficio del Consegnatario e l'Ufficio Spese di Giustizia.